A fajtát alapító Nonius – melyet később Nonius Seniornak neveztek el – nevű fiatal mén a napóleoni háborúk alatt hadizsákmányként került az osztrák kincstár tulajdonába, és tizedmagával a mezőhegyesi ménesbirtokra beosztásra. A normandiai Calvadosban született anglonormann fajtájú ló volt, átlagos küllemmel és viszonylag nagy méretekkel.
1816-tól 1822-ig tartó tenyészműködése során 79 mén-, valamint 122 kancaivadéka született, melyek közül 15 nyert törzsménbesorolást. A fajta kialakulásában ezek közül Nonius 9, illetve az ő fiai, Nonius 34 és Nonius 36 töltöttek be meghatározó szerepet. Apai ágon minden ma élő nóniusz ló származása e két törzsménre vezethető vissza.
Nonius tartós használatát egy keresztezési kombináció sikere indokolta, mely a mezőhegyesi spanyol-nápolyi jellegű kancákra alapozva a kívánt típusú és használati értékű utódokat eredményezett. A törzs megerősödésében, illetve később a fajta kialakulásában döntő szerepet játszott, hogy e keresztezési kombinációt az arab anyáktól származó unokákra – N 34, N 36 – történő rokontenyésztéssel sikerült rögzíteni.
A nóniusz törzs egyedei az 1840-es évekre kellő egyöntetűséget mutattak, célszerűek voltak de nem szépek, a kívánatos nagy rámához gyakran durvaság, és burkolt fej társult. E hibákat az angol telivér cseppvérkeresztezés szintjén való kiterjedt alkalmazásával sikeresen orvosolták.
A nóniusz elterjedését, tájkörzeteinek kialakulását, nagybirtokokon történő használatát
/ Makó, a Hajdúság, illetve Bánát térsége, a Mezőhegyesi Ménesbirtok, Debrecen város ménese, a vukovári Eltz, a palánkai és gödöllői koronauradalmak/ a nehéz katonai hátas típus mezőgazdasági célokra való alkalmassága nagyban elősegítette.
Az 1850-es évektől fajtává alakuló nóniusz kiválóan alkalmas volt a népies lóállomány típusának javítására, testtömegének növelésére, munkakészségének fokozására.
A fajta 5., 7., 6., illetve 3. generációjából származnak a fajtává válás időszakát tenyészeredményükkel döntően meghatározó, az 1943-ban deklarált geneológiai vonalbeosztás szerinti vonalalapító mének.
Nonius 29 /1880/ – “A” vonal
Nonius 31 /1880/ – “B” vonal
Nonius 36 /1883/ – “C” vonal
Nonius 42 /1847/ – “D” vonal
A mezőhegyesi ménesben működő anyakanca-állományt létszáma miatt két csoportba sorolták, a 168 cm alatti méretűek a kis-, az e fölöttiek pedig a nagynóniusz ménesbe kerültek. E besorolás 1945-ig fennállt, de genetikai elkülönülést nem eredményezett, mivel a használt ménállomány egységes volt.
A fajta kvalitását a századforduló idején elért nemzetközi, illetve világkiállítási sikerek bizonyítják:
1878: párizsi világkiállítás: külön aranyérem a nóniusz fajtacsoport részére
1879: párizsi világkiállítás: a N. Ürmény I törzsmén és 388 Durcás N. anyakanca bronzérem
1880: bécsi lókiállítás: nagy ezüstérem a nóniusz fajta részére
A fajtában a két világháború egyaránt hatalmas veszteséget okozott. A tenyészanyag 50-70%-os elvesztését mindkét esetben viszonylag gyors és eredményes regeneráció követte. 1955-re Mezőhegyesen és Hortobágyon egyaránt visszaállt a törzskancalétszám, kialakult a törzsménállomány, és megkezdődött a geneológiai vonalak regenerációja.
A fajta kiváló adottságait az 1925-32, illetve az 1952-től 6 éven át rendezett távhajtóversenyeken elért győzelmeivel és helyezéseivel bizonyította. Az elvárt teljesítmény a két világháború között 350 km távolsági szakasz és 30 km gyorsasági szakasz volt, az újabb kori versenyeken pedig 100 km, ami 80 km-es távolsági és 20 km-es gyorsasági szakaszból tevődött össze.
A 60-as évektől meginduló fogatsportban is komoly eredményeket értek el nóniusz fogatok. Magyar Fogathajtó Derby győzelem, országos bajnoki címek, aacheni, hamburgi, lipcsei nemzetközi győzelmek, illetve világ- és európabajnoki helyezések jelzik az akkor még létszámában és népszerűségében virágzó fajta kvalitásait.
A 60-as, 70-es évekig a két törzstenyészet mellett működő termelőszövetkezeti tenyészetekben / Szentes, Makó /, illetve a fajta hagyományos tenyésztőkörzeteiben / Békés, Csongrád, Hajdú-Bihar, Bács-Kiskun megyék/ működött jelentős számú és minőségében is kiváló kancaállomány, mely a kor tenyésztésszervezési rendje által jól kiszolgált módon a fajta tenyésztésének fontos bázisát adta.
A fajta hanyatlását a magyar lótenyésztés 1961-ben történt átszervezése indította meg. A mezőhegyesi törzsállományból 61 kancát Hortobágyra helyeztek át, s a mezőhegyesen maradt állomány tenyészcéljául fajtaátalakító keresztezéssel megvalósuló sportlótenyésztést határozták meg.
Az intézkedés mindkét ménesben súlyos károkat okozott, hiszen Mezőhegyesen a törzsállomány létszáma jelentősen csökkent, Hortobágyon pedig az áthelyezett, a helyi viszonyokhoz csak nehezen alkalmazkodó állomány gyakorlatilag fokozatosan felmorzsolódott.
A hanyatláshoz hozzájárult a használati módok átalakulása, a katonai lóigény teljes megszűnése, illetve a mezőgazdasági használat évtizedek alatt bekövetkező háttérbe szorulása, a szabadidős lóhasználat térnyerése, a fajtán belüli modern szelekció hiánya, illetve az a folyamat, melynek során a drasztikus állománycsökkenés időszakában a törzstenyészetekben – részben gazdasági megfontolásokból is – nagy számban végeztek sportcélú haszonállat-előállító keresztezéseket.
E folyamat a kezdeti kétségtelen sikerek mellett egyértelműen a fajtatiszta törzsállomány létszámának, minőségének rohamos csökkenéséhez vezetett, s döntően átgondolatlansága miatt a fajta modernizálását csak igen kis mértékben segítette elő. Egyre inkább gyökeret vert az a vélemény, hogy a nóniusz, bár a legegyöntetűbb fajta, modern használati értéke nincs.
Az állomány létszáma időközben 1000 kanca alá csökkent, a hagyományos tenyészetek sorra megszűntek, törzsanyaguk egy része elkallódott, s a fajta iránti általános érdeklődés is jelentősen visszaszorult. Az egykor világhírű fajta piaca nagyrészt megszűnt, ami a fajtafenntartás szempontjából igen veszélyes helyzetet teremtett.
Az 1989-ben megalakult Nonius Lótenyésztő Országos Egyesület fő céljának a fajtafenntartást, a fajta génkészletének megőrzését tűzte ki, amit tenyésztési programjának megalkotása, illetve többszöri módosítása során is következetesen képviselt.
A fajta tenyésztői bázisa napjainkra jelentősen átalakult – ami bizonyos konszolidált állapot kialakulásával is együtt járt – hazai, illetve európai összlétszáma tekintetében is a veszélyeztetett fajták csoportjába sorolódik.
A nóniusz, mint hagyományos magyar fajta fenntartása mellett génvédelmi, állattenyésztés- és kultúrtörténeti, táj- és természetvédelmi, a marginális területek hasznosításával összefüggő, idegenforgalmi génforrásként, keresztezési partnerként történő használatra vonatkozó érvek szólnak.
A fajtát a 32/2004. (IV.19.) Ogy. határozat a védett őshonos, vagy veszélyeztetett, magas genetikai értéket képviselő tenyésztett állatfajták sorában nemzeti kinccsé nyilvánította.
