A fajta a Komárom megyében a Győrt és Székesfehérvárt összekötő út mentén fekvő településről kapta a nevét, ahol a Batthyány család az 1758-59-ben megszerzett birtokon az akkori idők igen korszerű gazdaságát rendezte be. A birtok tulajdonosa Batthyány Kázmér és testvére Gusztáv eredményes angol telivér tenyésztő és sikeres futtató is volt.
Batthyány Kázmért az 1848-48-i szabadságharcban játszott szerepéért távollétében jelképesen kivégezték és elkobzott birtokán 1853.-ban I. Ferenc József császár egy nemes vérű katonai ménes kialakítását rendelte el. „Nemes vérű” lovon akkoriban minden kétséget kizáróan angol telivért értettek, de a terv szerinti 300 angol telivér anyakanca beszerzése még az Osztrák-Magyar Monarchia számára is megoldhatatlan feladatot és anyagi terhet jelentett. Ezért az angol telivér importok mellett nagy létszámú állományt telepítettek Kisbérre az akkori kincstári és udvari ménesekből és a jelentősebb magánménesek állományából.
Ezt az alapjában vegyes származású (arab, cserkesz, spanyol, piberi, norfolki, percheron, mecklenburgi stb.) de típusában és küllemében gondosan válogatott állományt több generáción keresztül folyamatosan angol telivér fedezőménekkel fedeztették. A ménes első parancsnoka, Franz von Ritter altábornagy a nagy értékű, és a minőségi lótenyésztés számára nagy jelentőségű angol telivér méneket a ménes állományának fedeztetésén túl a köz rendelkezésére is bocsátotta. E gyakorlat következtében már 1855-től általánossá vált Kisbéren, hogy az angol telivér törzsmének a ménesi kancák mellett a magántenyésztők telivér vagy félvér kancáit is fedezhették. Így nemcsak a mének jobb kihasználását és a kiváló tenyészanyag elterjedését érték el, hanem a fedeztetési díjakból számottevő bevételekhez segítették a ménest. Minden évben a Földművelésügyi Miniszter a hivatalos közlönyben tette közzé a kisbéri ménesben felállított mének fedeztetési díját és a fedeztetés feltételeit.
A ménesben a kiváló telivér mének hatására kialakult egy angol telivérhez közel álló, de annál tömegesebb, feltétlen nyugodtabb, nagyobb munkakészségű és különösen korrektebb küllemű hátasló típus. Az így előállított félvér mének az országos fedezőmén igényt teljes mértékben kielégíteni, és a telivért pótolni tudták. Kisbér elsőrangú félvéreket tenyésztett a köztenyésztés számára. A századfordulón ezek a félvérek már nevet szereztek maguknak. Ez idő tájt alakultak ki a fajta máig híres törzsei: Deutscher Michael, Dunure, Kozma, Fenék, Shannon, Maxim, Filou, Slieve Gallion, vagy a kanca-oldalon igen eredményes Montbar, Rocketter, Verneuil, Willilam Rufus, Gunnerbury, Royal Lancer stb.
A mezőgazdaság intenzívebbé válásával egyre erőteljesebben fogalmazódott meg a kisbéri félvér tömegesítésének igénye. E folyamat során a kiemelkedő örökítő erejű telivérek után félvér törzsméneket állítottak fel a ménesben, valamint mezőhegyesi félvér mének alkalmazására (Furioso XXIII, Furioso VII, North Star XXV) is sor került. Ennek következtében a már némileg túlfinomodott állomány típusában konszolidálódott, tömegesebbé vált, de megőrizte nemességét, eleganciáját, gyorsaságát és kitartását. Ezen értékes tulajdonságok megőrzése érdekében a tenyésztésbe állítandó fiatal törzskanca-jelölteknek terepen, vadászlovaglásban kellett a kijelölt feladatot és szintidőt teljesíteniük.
A II. világháború előtt a mozgás és használati tulajdonságok javítása céljából a hasonló tenyésztési technikával létrehozott trakehneni fajtából importáltak törzsméneket a kisbéri ménes számára. Így alapított törzset Széplak, Formás, és Lobogó.
A háborús események hatására 1944-ben a ménes állományát kettéosztották. Az ország területén különböző uradalmakban elhelyezve 330 mén, kanca és évjárati csikó várta a hadi események kedvezőbbre fordulását, míg a másik felét, 7 törzsmént, 145 anyakancát, 55 évjárati méncsikót, 63 évjárati kancacsikót és 10 szopós csikót a bajorországi Bergstettenbe evakuáltak. Ebből az állományból 1945-ben 78 egyedet hadizsákmányként az Amerikai Egyesült Államokba hajóztak és ott elárvereztek. Ott fajtatiszta tenyésztésük az 1953-ban megalapított Hungarian Horse Associationnak köszönhetően mindmáig fennmaradt.
1948. júniusában három szállítmányban 150 kisbéri ló tért haza, amely állománnyal és a hasonló tenyészirányt követő korábbi u.n. „egyezményes” magánménesek állományából 1954-ben felállított sárvári ménes kancáival és a méntelepeken fellelt ménekkel megkezdődött a fajta regenerálása. Sikerült a hajdani híres törzsek jó részét újraéleszteni és a fajta tenyészirányát az egyre inkább előtérbe kerülő sportkövetelmények felé irányítani. 1961-ben az akkor már mindössze 40 kancára csökkentett kisbéri ménes állományát a Dalmandi Állami Gazdaságba helyezték át, és szerte az országban megindult egy meggondolatlan és megállíthatatlan keresztezési hullám, amely az 1970-es évek végére a tiszta vérű kancaállományt a veszélyeztetett szintre csökkentette. A tradicionális ménvonalak és kancacsaládok nagy része odaveszett.
Az 1961. évi átszervezés, valamint az utána következő tenyészirány-váltás a többi hagyományos magyar fajtával együtt a kisbéri-félvér törzsállományt is erősen megviselte. A lótenyésztés gazdaságtalan volta miatt azokban a gazdaságokban, ahol a felső vezetés nem kötődött érzelmileg is a lóhoz, az állami feladat-meghatározás és a költségeket közelről sem fedező állami dotáció ellenére a törzstenyészetek kancaállománya egyre csökkent, minősége felhígult, s tartási körülményei is igen gyakran törzstenyészethez méltatlanok voltak. A nyolcvanas években történtek ugyan bizonyos pozitív intézkedések ennek a nemkívánatos helyzetnek a megszüntetésére, de ezek legfeljebb csak lassították a leépülési folyamatot, megszüntetni nem tudták.
A még meglévő népies és az egykori törzstenyészetekből kikerült állományból 1989. június 12-én 60 alapító taggal és 260 tenyészkancával megalakult a Kisbéri-félvér Lótenyésztő Országos Egyesület, amely jelenleg a fajta elismert fajtafenntartója.
A kisbéri-félvért tenyésztők feladata a fajta hagyományos értékeinek megőrzése az eredeti tenyésztési módszerek alkalmazásával. A kisbéri-félvér, mint eredetileg katonai célokra tenyésztett hátasló, kiválóan megállja helyét a sport- és hobbilovaglásban is.
Az egyesület egyik fő feladata a fajta genetikai értékének megőrzése mellett, hogy támogassa a tenyészállatok minél szélesebb körű sportkipróbálását. Mivel az ehhez szükséges anyagi eszközök nem állnak az egyesület rendelkezésére, ez a tevékenység a szervezésben és tanácsadásban nyilvánul meg. A kisbéri-félvér egyedek leginkább a military (lovastusa) szakágban érnek el országos szinten jegyzett eredményeket, de rendszeresen feltűnnek a díjugratásban, fogathajtásban és díjlovaglásban is.
A kisbéri fajta új ménvonalainak és kancacsaládjainak kiválasztásánál elsősorban a sportra való alkalmasságot kell előtérbe helyezni. A fajtában korábban rögzült jó tulajdonságok (acélosság, robbanékonyság, gyorsaság, szervezeti szilárdság, ugrókészség) és a típus megőrzése mellett cél a mai sportlovakkal szemben támasztott követelményeknek megfelelő tulajdonságok rögzítése a fajtán belüli szelekcióval és új, elsősorban angol telivér vonalak létrehozásával (mozgás, ugróképesség és stílus).